Ny metode identifiserer bakterier enklere
Forskere har funnet frem til en metode som identifiserer bakterier enkelt, billig og mer presist enn før. Da kan vi også bruke mindre antibiotika.
Vi bruker altfor mye antibiotika i verden. Det gjør at bakterier blir motstandsdyktige, det vi kaller resistente bakterier.
Dermed blir det vanskeligere å kurere bakteriesykdommer enn før, for antibiotika er kanskje våre fremste våpen i kampen mot dem.
Vi har kommet frem til et enkelt verktøy for å identifisere hele arvematerialet i bakterier.
Et viktig steg på veien for å bruke mindre antibiotika er å finne bedre metoder for å identifisere sykdomsfremkallende stoffer. Nå kommer gode nyheter.
– Vi har kommet frem til et enkelt verktøy for å identifisere hele arvematerialet i bakterier, sier professor Erika Eiser ved Institutt for fysikk ved NTNU.
Dermed kan vi raskere finne ut hva slags bakterier en syk person eller et sykt dyr er rammet av, eller hva slags bakterier som finnes i for eksempel mat eller omgivelsene. Da kan vi også avgjøre om det er nødvendig å bruke antibiotika mot bakterien, og kanskje hva slags antibiotika. Så slipper vi å bruke så mye medisiner.
Slipper å kopiere genmaterialet
En internasjonal forskningsgruppe står bak de nyeste funnene. Resultatene er presentert i velrenommerte Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). Sentral i arbeidet var dr. Peicheng Xu ved Institutt for fysikk i Beijing, som Eiser var veileder for tidligere.
Peicheng Xu.
En grunn til at den nye metoden er raskere, er at brukerne slipper å gå innom et steg som kalles «genamplifisering». Da lager du flere kopier av arvematerialet, noe som gjør materialet lettere å analysere. Men dette steget kan forskerne altså hoppe over nå.
– Vi kan analysere hele DNA hos bakterien uten genamplifisering ved bruke en metode som tidligere er brukt i simuleringer, sier professor Eiser.
En forskergruppe ledet av Tine Curk fra Johns Hopkins University kom frem til teorien bak metoden. Eiser var med i gruppen. Fremgangsmåten virker altså i virkeligheten også.
Vi får glimrende resultater når vi bruker den teoretiske metoden på virkelige prøver, sier professor Eiser.
- Les også: Hvor trygg er sushien din?
Metoden lager klumper
Dette avsnittet er vrient. Men du kan vite at DNA er bygget opp av rekker av såkalte nukleotider. Med den nye metoden kan forskerne finne korte sekvenser av bakterienes DNA. Det gjør de ved å se hvordan disse sekvensene binder seg til ulike varianter av DNA som er podet på kolloider, som er partikler som er oppløst i en væske.
Nei, jeg skjønner ikke helt hva det betyr heller, og du får lese detaljene her om du faktisk gjør det og er interessert i å vite mer. Men det betyr i hvert fall at forskerne raskt kan identifisere bakteriene. For bakterier binder seg til disse kolloidene på ulike måter og får dem til å klumpe seg.
Du trenger ikke å analysere så mye materiale. Du slipper steget med å kopiere dem opp. Sparer tid og penger.
Erika Eiser.
– Med denne metoden kunne vi se hvordan så få som fem kolibakterier fikk kolloidene til å lage klynger, sier professor Eiser.
Med andre ord trenger du ikke å analysere så mye materiale. Du slipper steget med å kopiere dem opp. Sparer tid og penger.
Foreløpig et stykke igjen
Nå er dette foreløpig i et tidlig stadium. Eiser har publisert et prinsippbevis, eller proof-of-principle-eksperiment. Det betyr at det ennå gjenstår mye arbeid før det eventuelt blir vanlig å bruke metoden.
– Funnene kan gi oss en pålitelig metode for å finne sykdomsfremkallende stoffer innenfor felter som matsikkerhet, sykdomskontroll og overvåking av miljøet, fastslår professor Eiser.
I en verden der stadig flere bakterier blir motstandsdyktige mot antibiotika, er dette altså særdeles gode nyheter.
Referanse: P. Xu, T. Cao, Q. Fan, X. Wang, F. Ye, E. Eiser ‘Whole-Genome Detection using Multivalent DNA-Coated Colloids’ PNAS 120 (37), 2305995120; DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2305995120 (2023)
