Slik bevarer du DNA-spor best

Det høres kanskje utrolig ut, men i én liter elvevann finnes det tusenvis av DNA-spor fra alle mulige arter.

For eksempel ble DNA fra over 300 dyrearter oppdaget i en liter vann fra elven Atna i Rondane nasjonalpark, simpelthen ved å analysere DNA-et som ble funnet i det.

Ved å filtrere vannet gjennom et fint filtrerpapir, kan DNA-et fanges opp, isoleres og leses av med stor nøyaktighet. Deretter kan de ukjente DNA-sekvensene sammenlignes med kjente sekvenser i en database, og vipps har man en oversikt over hvilke arter som lever i eller rundt elva der vannet ble hentet fra.

Avhenger av mye

Identifisering med korte, standardiserte DNA-sekvenser kalles DNA-strekkoding og fungerer som regel svært godt på de aller fleste dyregrupper.

Men hvor godt fungerer det egentlig på DNA-spor i vann? Det avhenger av en rekke faktorer: vannets kjemi, filtertype, fikseringsmetode, oppbevaring, DNA-isoleringsmetode, DNA-analysemetode og ikke minst hvor god databasen med kjente sekvenser er.

I prosjektet Environmental Barcoding of Aquatic Invertebrates (EBAI) forsøker forskere ved NTNU Vitenskapsmuseet i samarbeid med NINA, NIVA og to utenlandske institusjoner å finne ut hvilke faktorer som betyr mest for å ta vare på og isolere DNA fra vann.

Tørt eller i buffer

I en studie nylig publisert i tidsskriftet Scientific Reports rapporterer forskergruppen sine første resultater: Filtertype og hvordan filteret blir oppbevart etter at vannet er filtrert betyr faktisk en god del for hvor nøyaktige resultatene blir (Majaneva et al. 2018).

Forskergruppen undersøkte fire ulike metoder. Den kom frem til at preservering tørt i silikagel, eller i en bufferløsning, var bedre enn å bevare prøvene i etanol eller frosset tilstand.

Funnene kan bidra til å gi oss enda sikrere DNA-prøver i framtida.

Kilde:

Majaneva M, Diserud OH, Eagle SHC, et al. (2018) Environmental DNA filtration techniques affect recovered biodiversity. Scientific Reports 8, 4682.