Googler gener

Det menneskelige arvestoff består av nesten 30 000 gener, bygd opp av tre milliarder organiske baser. Skal du finne riktig enhet, trenger du avansert søkeverktøy.

Verdensveven består av milliarder nettsider. Menneskekroppen består av tre milliarder DNA basepar. Til tider kan det føles like vanskelig å finne en relevant nettside som det er å finne genet som fører til en bestemt sykdom.

Heri Ramampiaro ved Institutt for datateknikk og informasjonsvitenskap ved NTNU kombinerer nettsøk og gensøk. Han utvikler et skreddersydd søkeverktøy for biomedisin – den teoretiske forskningen på medisinske sammenhenger. Verktøyet heter Biotracer og skal gi leger og medisinske forskere svar langt raskere og treffsikkert enn noen av dagens løsninger.

Må skille faglige og personlige nettsider

– De vanlige søkemotorene er veldig bra til sitt formål, men er utviklet med tanke på websider, og skiller ikke mellom faglige nettsteder og folks personlige hjemmesider, sier førsteamanuensen.

Med andre ord: Man får returnert en avsindig mengde med irrelevant informasjon.

Biotracer søker i en database med ca 15 millioner artikler innenfor medisinsk forskning. Å finne fram i denne informasjonsmengden krever et spesialutviklet søkeverktøy.

Si at en forsker skal finne sammenhengen mellom tusenvis av medisinske forsøk, og akkurat det genet som frambringer en spesiell type kreft. Det er ingen ensartet måte å søke etter spesifikke gener på. Ei heller en standardisert måte å benevne gener og proteiner på.

Synonymordbok

I den medisinske litteraturen brukes blant annet symboler – som er de mest generelle og mest brukte termene. Men også lang- eller kortformen av genets navn kan brukes.

Derfor kobler Biotracer sammen ulike benevnelser for det samme genet eller proteinet. Det er en form for synonymordbok. Ordboka blir imidlertid aldri helt ferdig. Den må stadig oppdateres og forbedres.

Biotracer kombinerer søkemotorteknologi og din egen ekspertise. Tross alt, det er ingen større ekspert på ditt søk enn deg selv.

Ingen popularitetskåring

En del av Googles genialitet er hvordan en nettsides relevans blant annet er bedømt ut fra hvor mange andre nettsider som lenker til førstnevnte. Biotracer tar ikke hensyn til denne biten i sin vurdering.

1179922483.2.gifNone.medium

– I en markedssituasjon er dette finfint, men denne typen popularitetsmåling er ikke egnet for vitenskapelige tekster, sier Ramampiaro.

– Hver enkelt bruker rangerer selv viktigheten ut fra egne faglige vurderinger. Slik «lærer» verktøyet seg hva du er ute etter.

Heri Ramampiaro ser også på muligheten for at systemet skal huske brukerens preferanser fra tidligere. På denne måten kan systemet lære deg som bruker å kjenne.

Biotracer er allerede i dag fullt funksjonell, men Ramampiaro vil ikke slippe søkemotoren ut på markedet før de siste forbedringer og tester er gjort. Tidspunkt for lansering er ikke satt.